重庆市棉麻公司成立于1956年国家公私合营时期。

2001年3月改制重组成为重庆市棉花有限责任公司。

2010年8月更名为重庆市棉麻有限公司。

2015年5月由原重庆市棉麻有限公司，重庆新合物流有限责任公司，重庆市金帆果品有限公司，重庆市金鼎日杂品有限公司等公司组建成立重庆市棉麻集团有限公司。

集团在原市棉麻公司的基础之上，拓展了营业范围，扩大了经营业态，在中共中央国务院关于深化供销合作社综合改革的蓝图下，集团正在书写新的篇章。